El Instituto gestiona su labor científico - tecnológica apoyándose en tres líneas de investigación fundamentales:
- Propagación de plantas
- Mejoramiento genético
- Desarrollo tecnológico
Estas líneas realizan sus actividades atendiendo, como principio organizativo, a lograr un balance entre las investigaciones básicas, aplicadas y de innovación tecnológica (I+D+i), las cuales son desarrolladas a través de una estructura de proyectos. Cada proyecto científico articula equipos multi y transdisciplinarios, con la participación de centros de investigación y productores nacionales y extranjeros. Los proyectos de I+D+i que se emprenden responden a la política científica establecida en el Instituto y cumplen con las siguientes características:
Se desarrollan a ciclo completo: del laboratorio al campo.
- Integran las técnicas de propagación de plantas por métodos biotecnológicos con las técnicas tradicionales, para lograr semillas de alta calidad genética y sanitaria.
- Introducen resultados en la práctica en pequeñas, medianas y grandes empresas; considerando la sostenibilidad ecológica, social y económica de su generalización.
- Desarrollan tecnologías y productos con alto valor agregado que se comercializan en Cuba y el extranjero.
Para lograr el cumplimiento de la misión y la política científica del IBP se cuenta con las facilidades siguientes: Laboratorios para el desarrollo de investigaciones en:
- Cultivo in vitro de plantas
- Microbiología aplicada
- Biología molecular
- Fitopatología
- Propagación masiva de plantas
- Mejoramiento genético.